Marc Lys naît en 1963 à Dinan, dans les Côtes-d'Armor, au sein d'une famille d'amateurs passionnés de musique. Il commence le piano dès l'âge de sept ans, avant d'aborder la percussion puis le trombone, instrument qui lui permet d'intégrer une fanfare symphonique locale. Cette double culture — celle du clavier et celle des cuivres — irrigue durablement son parcours de musicien complet et explique l'orientation très majoritaire de son catalogue vers les instruments à vent et, plus particulièrement, la famille des cuivres.
Il poursuit sa formation au Conservatoire de Rennes, où il remporte des médailles d'or en piano, en trombone et en musique de chambre, tout en menant des études musicologiques à l'Université de Paris. Après un passage par l'École normale de musique de Paris pour le piano, il est admis au Conservatoire national supérieur de musique et de danse de Paris (CNSMDP) en 1982. Sa formation, large et originale, le conduit à travailler auprès de pédagogues réputés et s'achève autour de 1990 par l'obtention de plusieurs premiers prix, notamment en analyse et en composition. Durant ces années d'études, il participe également à une session d'été de l'Eastman School of Music, aux États-Unis.
Sa carrière d'enseignant débute à la fin des années 1980 au Conservatoire de Lille, comme professeur de piano, où il prend par ailleurs en charge la direction d'un ensemble de cuivres. Depuis 2005, il est responsable de la classe de déchiffrage et de techniques d'ensemble des cuivres au CNSMDP, fonction qui le place au cœur de la formation des jeunes instrumentistes à vent français. On le voit également diriger l'orchestre du Conservatoire. En 2010, il participe à la fondation de la « Villa of Composers » (Villa des compositeurs), initiative vouée à la promotion et à la conservation des œuvres de compositeurs contemporains au sein des grandes bibliothèques.
Comme compositeur et arrangeur, Marc Lys écrit fréquemment pour de grands solistes et des formations renommées, dans des styles variés qui croisent l'écriture classique, le jazz et la musique de divertissement. Son œuvre privilégie le trombone, le tuba et l'euphonium, souvent associés au piano, à l'ensemble de cuivres ou à l'orchestre d'harmonie. Parmi ses pièces les plus jouées figurent le Concertino pour trombone (existant en version avec ensemble de cuivres), Vertiges, conçu pour soliste et orchestre d'harmonie, ainsi que Une sacrée journée, concerto pour tuba et orchestre d'harmonie articulé en plusieurs mouvements évoquant les différents moments d'une journée (« Réveil et matinées sportives », « Après-midi », « Soirée entre amis »).
Son catalogue accorde une place de choix aux musiques d'inspiration régionale et aux pièces de concours destinées aux conservatoires : la Rapsodie armoricaine pour trombone et piano, publiée à la fin des années 1990, en est un exemple emblématique par sa référence assumée à la Bretagne (l'Armorique). On lui doit aussi de nombreuses œuvres pour tuba et euphonium telles que Tubatrilogy et Tubastone, ainsi que des pièces de musique de chambre comme la Suite pour un poker d'as pour quatuor de trombones, Cocktail ou Tangothique. Largement diffusées par plusieurs éditeurs spécialisés (Combre/Lemoine, Sempre Più, IMD), ses partitions sont aujourd'hui un répertoire de référence dans l'enseignement des cuivres, jouées tant en France qu'à l'étranger par des solistes et des ensembles de premier plan.