Joachim Le Breton naît en 1760 à Saint-Méen-de-Gaël, en Bretagne. Il est d'abord un homme d'Église et de lettres : formé au collège des Théatins à Paris (1772-1779), il enseigne ensuite la rhétorique à Tulle de 1779 à 1789 et publie en 1788 un premier ouvrage, La Logique adaptée à la rhétorique. La Révolution française infléchit son destin : il abandonne ses vœux religieux, gagne Paris et se tourne vers l'administration des arts et le journalisme.
Le Breton s'impose comme l'un des organisateurs de la vie artistique sous le Directoire et l'Empire. Rédacteur à La Décade philosophique, littéraire et politique, il devient chef du bureau des Beaux-Arts au ministère de l'Intérieur et collabore avec Vivant Denon autour du musée du Louvre. En 1798, il organise la célèbre Fête des chefs-d'œuvre au Champ-de-Mars, destinée à accueillir triomphalement les œuvres d'art saisies en Italie par les armées françaises, parmi lesquelles des tableaux de Raphaël, les chevaux de Saint-Marc, l'Apollon du Belvédère et le Laocoon.
En 1803, Le Breton est élu secrétaire perpétuel de la classe des beaux-arts de l'Institut de France, fonction qu'il occupe jusqu'en 1815. À ce poste, il joue un rôle institutionnel majeur : il contribue à la création de prix décernés par l'Institut, notamment un prix de composition musicale et un prix de gravure en médailles, et rédige de nombreuses notices historiques sur les artistes de son temps, comme le sculpteur Pierre Julien. C'est dans ce cadre qu'il compose une Notice historique sur Joseph Haydn, consacrée au grand compositeur viennois, associé étranger de l'Institut, mort en 1809 ; le texte s'inscrit dans la tradition des éloges et notices lus en séance publique de l'Institut. Napoléon lui commande par ailleurs, en 1807, un vaste rapport sur l'état des beaux-arts en France depuis 1789.
Écarté de ses fonctions à la Restauration, Le Breton se tourne vers le Nouveau Monde. En 1816, il prend la tête de la mission artistique française envoyée à Rio de Janeiro sous l'égide du roi Jean VI de Portugal, alors installé au Brésil, avec pour objectif de fonder une école des sciences, des arts et des métiers. Il est accompagné d'artistes comme le peintre Nicolas-Antoine Taunay. Le projet se heurte aux intrigues de la cour portugaise, qui reproche au groupe ses idées jugées révolutionnaires, et Le Breton voit son entreprise contrariée.
Joachim Le Breton meurt à Rio de Janeiro en 1819. La mission qu'il avait conduite n'en demeure pas moins à l'origine de l'Académie impériale des beaux-arts de Rio de Janeiro, fondée après sa mort, faisant de lui une figure pionnière de l'enseignement artistique au Brésil. Davantage administrateur des arts, critique et historien que créateur, il occupe dans l'histoire de la musique une place singulière : non comme compositeur, mais comme auteur d'une des premières notices biographiques françaises consacrées à Joseph Haydn.