Pierre-Louis Ginguené naît à Rennes le 25 avril 1748. Il fait ses études au collège Saint-Thomas de la ville, où il a notamment pour condisciple le poète Évariste de Parny ; son père lui enseigne l'anglais et l'italien, langue dont la maîtrise précoce orientera durablement son œuvre. En 1772, il s'installe à Paris, d'abord comme précepteur, et commence à se faire connaître dans les milieux littéraires.
Il acquiert une première notoriété grâce à des poésies légères et des contes, parmi lesquels La Confession de Zulmé, publiée en 1779 dans l'Almanach des Muses et d'abord attribuée à d'autres auteurs. Mais c'est surtout par la critique musicale qu'il se distingue : dès le milieu des années 1770, il donne des comptes rendus dans des journaux comme le Mercure de France. Musicien et passionné de musique italienne, il prend parti, durant la fameuse querelle des gluckistes et des piccinnistes, pour le compositeur Niccolò Piccinni, dont la défense le rend largement célèbre.
Cet engagement esthétique se prolonge dans une œuvre musicographique de premier plan. Ginguené rédige, aux côtés de Nicolas-Étienne Framery, une grande partie des articles du Dictionnaire de musique de l'Encyclopédie méthodique, entreprise qui fait de lui l'un des principaux théoriciens et lexicographes musicaux de son temps. En 1800 (an IX), il publie une Notice sur la vie et les ouvrages de Nicolas Piccinni, hommage au maître italien qu'il avait défendu, témoignage à la fois biographique et critique sur l'opéra de la fin du XVIIIe siècle.
La Révolution fait de Ginguené un homme public. Lié aux milieux girondins, il collabore à plusieurs publications et est emprisonné durant la Terreur, de mai à août 1794. Libéré après Thermidor, il devient le principal rédacteur de la Décade philosophique, littéraire et politique, organe majeur des Idéologues qu'il anime jusqu'à sa suppression par Napoléon en 1807. Membre fondateur de l'Institut de France, il est nommé en 1797-1798 ministre plénipotentiaire auprès du roi de Sardaigne, à Turin, puis siège au Tribunat sous le Consulat ; jugé trop peu docile, il en est écarté par Bonaparte.
L'œuvre qui assure sa postérité est l'Histoire littéraire d'Italie, vaste synthèse à laquelle il consacre la fin de sa vie. Les premiers volumes paraissent à partir de 1811 ; Ginguené meurt à Paris le 16 novembre 1816 alors qu'il en achève la rédaction. L'ouvrage est poursuivi et complété après sa mort, notamment par Francesco Salfi, et continue de paraître durant les décennies suivantes. Par cette entreprise, Ginguené se place, aux côtés de Madame de Staël et de La Harpe, parmi les fondateurs de l'histoire littéraire moderne, et offre à la culture française la contribution la plus importante du XIXe siècle à la connaissance de la littérature italienne.