Francis Malin naît à Saint-Pierre-la-Cour (Mayenne) le 13 février 1903. Fils d'agriculteur, il devient accidentellement aveugle à l'âge de sept ans, ce qui décidera de sa vocation. Il fait des études d'orgue à l'Institut national des jeunes aveugles, à Paris, où il se lie d'amitié avec Jean Langlais, le futur organiste de Sainte-Clotilde ; une amitié qui les unira toute leur vie.
En 1925, Francis Malin succède à M. Chausseblanche aux orgues de l'église Saint-Léonard de Fougères — instrument inauguré en 1881 par César Franck — poste qu'il occupera une cinquantaine d'années, tout en étant professeur de piano et de violon.
Ses œuvres, toutes inédites mais notées en braille, comprennent, pour orgue, un Scherzetto et des Variations sur un thème populaire « Combien j'ai douce souvenance » ; pour trompette et orgue, une Marche des Temps Nouveaux ; ainsi que diverses pièces sacrées (Cantilène nuptiale, Pie Jesu, Ave Maria) et pages de musique de chambre.