Christian Gouinguené naît le 22 août 1941 à Lamballe (Côtes-d'Armor). Organiste, chef d'orchestre et compositeur, il est l'une des figures majeures de la musique sacrée française contemporaine et l'un des derniers représentants de la grande école d'orgue parisienne héritée de Maurice Duruflé.
Il reçoit sa formation musicale au Conservatoire national supérieur de musique et de danse de Paris, où il accomplit un parcours d'écriture exceptionnel : Premier Prix d'harmonie en 1965 dans la classe de Maurice Duruflé — alors titulaire de l'orgue de Saint-Étienne-du-Mont et compositeur du Requiem qui demeure l'un des sommets de la musique sacrée française du XXe siècle —, suivi des Premiers Prix de fugue et de contrepoint dans la classe d'Yvonne Desportes. Cette double filiation, à la fois théorique et pratique, fait de Gouinguené l'un des héritiers les plus complets du langage modal liturgique français.
Il est nommé organiste titulaire de l'église Saint-Jean-Baptiste de Sceaux, fonction qu'il occupera plusieurs décennies. Parallèlement, il fonde et dirige l'orchestre de l'École nationale de musique de Meudon, formation pédagogique et professionnelle qu'il portera au plus haut niveau du paysage francilien, créant un grand nombre d'œuvres françaises contemporaines.
À partir de 1985, il devient directeur des Chœurs de Paris, l'un des principaux ensembles vocaux d'amateurs de niveau professionnel de la capitale. Il y dirige les grandes pages du répertoire choral français — de Duruflé à Poulenc, en passant par Caplet, Tournemire et Messiaen — et y crée plusieurs œuvres contemporaines.
Son catalogue de composition se concentre sur l'orgue (Triptyque pour orgue, Suite modale, Préludes liturgiques) et la musique chorale sacrée (Messe brève, motets, Psaumes pour chœur et orgue). Son langage, fidèle à la tradition modale franco-grégorienne héritée de Duruflé, intègre des inflexions contemporaines et une attention constante à la prosodie liturgique latine et française. Lamballe, sa ville natale, et le diocèse de Saint-Brieuc entretiennent aujourd'hui sa mémoire à travers concerts et résidences d'organistes.