Michel Merlet naît le 26 mai 1939 à Saint-Brieuc, dans les Côtes-d'Armor, au sein d'une famille d'archivistes. Originaire de Bretagne, il se forme au Conservatoire national supérieur de musique de Paris, où il étudie auprès de Tony Aubin et suit la classe de composition d'Olivier Messiaen. Il y remporte plusieurs récompenses, en clavecin, musique de chambre, contrepoint, fugue et composition. En 1966, il obtient le Prix de Rome avec la cantate La Muse qui est la grâce, sur un texte de Paul Claudel.
Pédagogue d'envergure, Michel Merlet succède à Yvonne Desportes comme professeur de fugue au Conservatoire de Paris à partir de 1978, poste qu'il occupera durablement. Son enseignement rayonne bien au-delà des frontières françaises : il intervient à l'Académie internationale d'été du Japon (1979), puis, à partir de 1985, enseigne l'écriture, l'orchestration, l'analyse et la composition aux conservatoires de Shanghai et de Pékin. Il enseigne également au Conservatoire d'Athènes (1995) et donne des master classes à la Juilliard School ainsi que dans plusieurs universités américaines (2001). Il fut par ailleurs professeur de composition et d'orchestration à l'École normale de musique de Paris et à la Schola Cantorum de Paris.
Le catalogue de Michel Merlet témoigne d'un équilibre subtil entre l'héritage français, l'écriture modale et une modernité maîtrisée. Il embrasse aussi bien la musique symphonique — avec des partitions comme Triptyque symphonique ou Moirures et un Concerto pour piano et orchestre — que la musique de chambre et l'œuvre pour clavier. Parmi ses pages instrumentales figurent notamment ses 24 Préludes, Op. 31, la Passacaille et fugue, Op. 36, la Sonatine en trois mouvements pour flûte et piano, Op. 14, le Trio pour piano, flûte et violoncelle, Op. 24, une Sonate pour violon et piano ou encore Une soirée à Nohant pour violoncelle et piano. Sa musique a été défendue par des interprètes de premier plan, parmi lesquels les pianistes Éric Heidsieck et Emile Naoumoff, ou des chambristes tels que Jean-Jacques Kantorow et Philippe Muller.
Reconnu pour sa rigueur et son érudition, Michel Merlet fut distingué chevalier des Arts et des Lettres (1989) et chevalier de la Légion d'honneur (2005). Profondément attaché à la transmission, il marqua plusieurs générations de compositeurs et d'interprètes. Il s'éteint le 3 mai 2026 à Soisy-sous-Montmorency, à l'âge de 86 ans.