Jean Le Frère naît à Saint-Dolay (Morbihan) le 20 janvier 1926. Après des études à l'Institut catholique de Paris et à l'École supérieure de musique sacrée de Paris, et une licence de philosophie scolastique, il entre dans la prêtrise.
En poste à Hennebont, il dirige parallèlement la chorale Jeanne La Flamme, spécialisée dans le chant à quatre voix mixtes sur des musiques traditionnelles bretonnes (avec des textes uniquement en français). Outre de nombreuses harmonisations d'airs populaires, Jean Le Frère est l'auteur d'hymnes, de motets et de pièces sur des textes liturgiques modernes.
Parmi ses œuvres éditées figurent les chœurs Bretagne, mon pays, Pardons (ou Noël) en Bretagne et Les Korrigans, composés sur des textes de Pierre Le Coustumer. Sa production a été enregistrée chez Mouez Breiz (1976, 1978) et Ar Folk (1981).